Sous la Révolution, ces collections musicales, augmentées des saisies de la Maison de Saint-Louis à Saint-Cyr et de collections princières (principalement celles de Mesdames de France, filles de Louis XV), furent d’abord placées sous scellés ; une partie fut transportée à Paris afin d’alimenter la bibliothèque du Conservatoire national de musique, créé en 1795 (cette partie se trouve actuellement au département de la musique de la Bibliothèque nationale de France).
L’autre partie demeura à Versailles et rejoignit la Bibliothèque municipale entre 1815 et 1830.
Ce partage fut l’œuvre de Jean-Louis Bêche, nommé en 1794 par la Commission des Arts du Museum national de Versailles, commissaire responsable pour gérer l’ensemble des instruments et des partitions confisqués aux émigrés et condamnés.
Il réunit les instruments, rassembla les partitions dans un même local, les inventoria sur cartes puis sur papier.