Philidor fut aussi chargé de commandes extérieures pour de grands collectionneurs, notamment le comte de Toulouse, fils de Louis XIV et de Mme de Montespan.
Son atelier fut très actif entre 1703 et 1705, copiant toute l’œuvre de Lully pour la scène, la majeure partie du répertoire de l’Académie royale de Musique ainsi que les motets de Lalande, Lully et Desmarest.
La collection du comte de Toulouse comprenait également des copies de motets français et italiens, et des cantates italiennes, ainsi que des œuvres imprimées ou gravées. L’exécution rapide de cette collection explique la grande homogénéité de sa présentation (page de titre imprimée, reliures armoriées).
Philidor était entouré d’une dizaine de collaborateurs pour cette commande, parmi lesquels des spécialités se dégagent : Philidor copie de préférence les parties de basse continue ; la transcription des paroles est souvent confiée à une personne différente de celle qui copie la musique.
Cette collection a sans doute servi de référence pour les musiciens que le comte de Toulouse entretenait, à partir duquel ils établissaient le matériel vocal et instrumental dont ils avaient besoin.